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Poco después de la primera materialización de Aelita, Jeremy crea un nuevo programa:
Vehículos para Lyoko-guerreros: Los 3 guerreros tienen uno, adaptado a la personalidad del luchador, Aelita puede pedir prestado de vez en cuando.
Además, Jeremy fue capaz de crear un rastreado de torres que activadas por XANA, y su laptop le informa cuando una torre ha sido activada más fácilmente. El programa, recién bautizado “Súper escáner” convierte cualquier señal del virus. Este descubrimiento tiene implicaciones importantes: ahora Aelita puede vivir con sus amigos en la tierra, y luego volver a Lyoko solo cuando él Súper Escáner encuentre torres activadas, sin tener que vivir en Lyoko llena sola.
Por desgracia para nuestros héroes, XANA les tiene una sorpresa: un nuevo monstruo, la Tarántula. Su
poder es muy superior a monstruos comunes Bloques, Cucarachas o Cangrejos. Y debido a que uno de ellos, era capaz de superar el trío de guerreros.
(Episodio 27 "El Nuevo Orden").
El cuarteto de los estudiantes de Kadic no paran de darle la bienvenida a su amiga casi humana. En
Kadic, ella se hace pasar por el primo de Odd de Aelita Stones.
Sin embargo, la vida de la nueva Terrícola no es fácil y es a veces propenso a las visiones inquietantes de un pasado que nunca conoció
(Episodio 27 "El Nuevo Orden").
Estas visiones a menudo se le aparecen cerca de un lugar particular: La Ermita, una casa abandonada con un pasadizo secreto que conduce a las alcantarillas. Este edificio en ruinas
perteneció a un antiguo profesor de Kadic llamado Franz Hopper.
En los días siguientes, los 5 héroes descubren el Quinto Territorio, que no sabían que existían. Esta zona es muy diferente a los otros cuatro: acceso a través de un vehículo, la zona cambia su apariencia constantemente, hay un panel con la información de XANA, y los monstruos que defienden ese territorio son muy poderosos... Parece ser que los restos de XANA.
Además de esta zona, un nuevo monstruo apareció: la Scyphozoa. Parece ser único y no puede ser
destruido. La particularidad de este monstruo es extraña ya que no tiene ningún arma, pero puede robar la memoria de Aelita. Ellos todavía no saben que si la Scyphozoa roba toda la
memoria de Aelita, XANA escapa del superordenador. Desde el primer encuentro con el monstruo, las cosas cambian radicalmente!
Mientras XANA continúa lanzando muchos ataques, pero él siempre va a robar la memoria de Aelita con su nuevo monstruo. Sólo positivos, el superordenador y monstruos ya no corren el riesgo de
no matar a la chica con el pelo rosa... El descubrimiento de Cartago deja más oportunidad para que un héroe: para ir a la ofensiva, al visitar el territorio central para saber más del
descubrimiento de XANA.
A finales nuevos pero igualmente importante: los adolescentes están descubriendo el famoso diario de Franz
Hopper, siguiendo el rastro de una estación de llave de la taquilla de un peluche que está detrás de un cartel en una habitación del Ermitage
( Episodio 31 "Señor Puck").
Este es un conjunto de datos digitales almacenados en CD, pero cifrada. Jeremy decide descifrar en medio convencido de que podría ser utilizada en la lucha contra XANA y sobre todo en la
búsqueda del virus. Tesis confirmada por el ataque de XANA para destruir el periódico en el mismo episodio en el que la ganancia de los héroes. Y la guerra continúa, cada vez más
violenta! Los héroes descubren una cosa de miedo, no habían considerado: las ganancias de XANA en el poder con cada "Vuelta al Pasado" que se produce. Así pues, el superordenador obtener aún mayores poderes y se vuelve capaz, por ejemplo, para
tomar el control de un ser humano, es la Xanificación!
Afortunadamente las habilidades de los héroes aumentan con la experiencia: son capaces de enfrentarse a más monstruos a la vez. Jeremy también mejoro: puede activar torres
(Episodio 47 "La forma Perfecta"), y emplea el Regreso al Pasado, en caso de necesidad absoluta y pasa todo su tiempo. Jeremy y Aelita se encuentran todavía en el amor, pero no se
declaran. Aelita, con más confianza que antes, le roba un beso Jeremy.
(Episodio 43 "El Beso de XANA")!
Para
Yumi y Ulrich, la relación se vuelve más complicada. Además de Sissi, un nuevo jugador entra William. Esta joven está en la clase de Yumi y lleva consigo un amor loco que puede igualar los
celos que inspira Ulrich. El joven es hermoso, romántico y muy valiente poco o con tendencia a la provocación. La guerra entre los 2 jóvenes, dijo a principios y confirmado en el episodio
36 "La Marabunta." Desastres son cada vez más presentes en provocaciones, por riñas
(Episodio 39 "Un Mal Giro").
A pesar de ser como amantes, Ulrich y Yumi insisten en no declararse y no tienen éxito sin la intercesión de Sissi y William... El año escolar está a punto de terminar y los ataques de XANA
alcanzan niveles de violencia sin precedentes. Sin embargo, un nuevo aliado aparece:
Franz Hopper! El genio, de hecho, el creador de Lyoko, probablemente atrapado en su propio mundo, quiere ponerse en contacto con los héroes y no es del agrado de XANA
(Episodio 50 "Contacto").
Hopper roba el control de una torre de XANA en la decisiva batalla de Episodio 51 "Revelación". Con esta gran ayuda, Jeremy logra descifrar el famoso diario cuya lectura es más
instructivo! Nuestros Héroes, no saben, sin embargo, gracias a ese diario pueden aprender muchas cosas acerca de la creación de Lyoko. Hopper elegido para crear a un programa militar y
creó XANA... pero se le escapó por una razón desconocida. Acorralado por los misteriosos hombres de negro, el científico decidió emigrar con su hija a Lyoko, y chica resulta ser
Aelita!
Una vez más, gracias al diario, Jeremy aprende dos cosas importantes:
La primera Aelita no tiene ningún virus, XANA en realidad le ha robado un fragmento de sí misma: toda su memoria que contenía sus recuerdos la infancia.
De ahí es donde vienen estaban las visiones de su pasado.
La segunda es la razón porque XANA quiere la memoria de Aelita: Esta memoria contiene las claves de Lyoko. Con esas claves XANA podría escapar de la supercomputadora, eliminando así
cualquier riesgo de que lo desconecten. Los héroes van en busca del fragmento faltante de Aelita en Cartago. La expedición resultó ser un fracaso!
Los guerreros son desvitalizados y Aelita cae en los tentáculos de la Scyphozoa que finalmente se las arregla para robar toda su memoria. Aelita se deja al estado de cáscara vacía, fallecido
en un terrible rugido, XANA escapa de la supercomputadora en forma de nubes espesas de humo negro.
(Episodio 52 "La Llave").
Aelita es salvada por Franz Hopper, su padre, que le regresa la vida a su hija y también a Lyoko, sacrificándose a sí mismo. Con toda su energía virtual, el científico caído le devuelve el fragmento faltante a su hija. A pesar de los esfuerzos de los héroes, XANA escapó del superordenador y amenaza al mundo. Los 5 amigos están consternados, pero su determinación es mayor que nunca! Juntos, dan la misión de seguir luchando contra XANA.
